F# Interactiveでunmanagedコードをデバッグ
F# Interactiveでデバッグをする際は、Interactiveウィンドウ上で右クリックメニュー"Start Debugging"を利用するか、fsxファイル上で右クリックメニュー"Debug In Interactive"を利用すると思います。
しかしこの方法ではデバッガがマネージドコードのみを対象としてしまうため、ネイティブのソースコード内のブレークポイントにはヒットしません。
通常、.Netのアプリをデバッグする際、プロジェクトの"アンマネージコードデバッグを有効にする"を有効にすればネイティブコードもデバッグが可能になります。
しかしF# Interactiveのexeは上記オプションが有効になっていないため、デバッガがマネージドモードで起動されます。(と思います。)
下記に示すデバッガのネイティブモードでの起動は、特段F# Interactiveに限ったものではなく、汎用的に利用できる方法です。